แขวงทางหลวงกระบี่ มี ผู้อำนวยการแขวงทางหลวงกระบี่ ( ผอ.ขท.กระบี่ ) เป็นผู้บริหารสูงสุด มีรองผู้อำนวยการแขวงทางหลวงกระบี่ และผู้อำนวยการหมวดทางหลวงอาวุโส บริหารจัดการงานด้วยกัน 4 ฝ่าย ดังนี้

            1. รองผู้อำนวยการแขวงทางหลวงกระบี่ ฝ่ายบริหาร หรือ รอ.ขท.กระบี่ (บ) มีหน่วยงานในความรับผิดชอบ ดังนี้

                               - งานพัสดุและสัญญา

                               - งานการเงินและบัญชี

                               - งานสารสนเทศ

                               - งานสารบรรณ

            2. รองผู้อำนวยการแขวงทางหลวงกระบี่ ฝ่ายวิศวกรรม  หรือ รอ.ขท.กระบี่ (ว) มีหน่วยงานในความรับผิดชอบ ดังนี้

                               - งานวางแผน

                               - งานอำนวยความปลอดภัย

                               - งานปรับซ่อม

                               - งานไฟฟ้า

            3. รองผู้อำนวยการแขวงทางหลวงกระบี่ ฝ่ายปฏิบัติการ หรือ รอ.ขท.กระบี่ (ป) มีหมวดทางหลวงในความรับผิดชอบ ดังนี้

                               - หมวดทางหลวงอ่าวนาง

                               - หมวดทางหลวงเขาพนม

                               - หมวดทางหลวงคลองท่อม

                               - หมวดทางหลวงห้วยน้ำขาว

                               - หมวดทางหลวงทรายขาว

            4. ผู้อำนวยการหมวดทางหลวงอาวุโสกระบี่ หรือ ชมอ.ขท.กระบี่